Uno studio condotto all’Università della California e pubblicato sul “Journal of Veterinary Internal Medicine” inquadra la composizione della flora batterica e dei miceti presenti nelle urine, sottolineando che il sequenziamento genetico di nuova generazione rappresenta un significativo passo avanti in termini diagnostici rispetto alle analisi delle urine tradizionali.
Oltre il microbiota intestinale
La crescente attenzione dedicata al ruolo fisiopapatologico del microbiota intestinale sta spingendo la ricerca ad approfondire l’assetto di altre nicchie di microrganismi in diverse specie animali.
L’obiettivo è di disporre di parametri di riferimento affidabili e di nuovi strumenti di valutazione che consentano di superare i limiti delle analisi tradizionali.
L’urina, per esempio, non è sterile nemmeno in condizioni di salute e nel cane sano il microbioma urinario – l’urobioma – presenta una ricchezza tassonomica di specie microbiche superiore a quelle del microbiota rettale e del microbiota genitale.
Da parte sua, l’analisi delle urine rappresenta tradizionalmente una valutazione di prima istanza dello stato di salute dell’animale, ma spesso i sistemi di coltura convenzionali non sono in grado di individuare la presenza di eventuali patogeni e in ogni caso non garantiscono un’adeguata tempestività.
La conseguenza, di fronte a batteriuria e a segni clinici di infezione urinaria, è spesso il ricorso alla prescrizione empirica di antibiotici, con tutto ciò che ne consegue. Anche da qui la spinta a individuare nuovi metodi di valutazione.
Le tecniche di sequenziamento del DNA di nuova generazione non presentano i limiti delle tradizionali tecniche di coltura e sono state utilizzate in uno studio condotto all’Università della California per caratterizzare l’urobioma e il micobioma urinario del cane sano.
Analisi tradizionali e sequenziamento genetico
Pubblicato sul “Journal of Veterinary Internal Medicine”, lo studio californiano ha sottoposto a cistocentesi cinquanta cani sani di entrambi i sessi – età media 4,7 anni, peso medio 23,6 kg – e i campioni di urine sono stati sottoposti sia all’analisi tradizionale sia al sequenziamento genetico. Al test convenzionale sono emersi un pH tra 6.0 e 7.5 (32 cani) con occasionale proteinuria ed ematuria (6 cani); l’analisi microscopica ha mostrato sporadici eritrociti (5 cani) e leucocyti (2 cani), mentre in 15 casi ha evidenziato la presenza di cristalli di struvite in varie concentrazioni. La coltura non ha segnalato alcuna crescita batterica.
In base al sequenziamento genetico del micobioma urinario, i taxa di funghi più abbondanti sono stati Didymella glomerata, Trichosporon sp. e Cryptococcus naganishia. I generi batterici dominanti sono risultati nell’ordine: Comamonadaceae, Sphingomonas, Staphylococcus, Propionibacterium e Streptococcus.
Come fanno notare gli autori, pur trattandosi di campioni provenienti da cani sani, il sequenziamento ha soprattutto messo in evidenza la presenza di diversi generi batterici comunemente associati a patogeni noti o a potenziali patogeni opportunisti, com’è per esempio il caso di Sphingomonas, Staphylococcus e Streptococcus.
Sequenziamento genetico, opzione diagnostica più affidabile
Lo studio, quindi, non solo conferma che le urine di cani clinicamente sani non sono sterili, ma che le analisi tradizionali non sono in grado di evidenziare un assetto dell’urobioma che sta tendendo verso il patologico e che il sequenziamento genetico di nuova generazione può rappresentare uno strumento diagnostico più affidabile per individuare infezioni urinarie determinate da germi non coltivabili o per gestire in modo più appropriato infezioni croniche che non rispondono al trattamento antibìotico dettato dalle tradizionali analisi delle urine.
I risultati, inoltre, richiamano l’attenzione sul possibile ruolo sinergico interpretato dalla contemporanea presenza nelle urine di numerosi ceppi batterici e determinate specie fungine.
Reference
Fonte Melgarejo T, Oakley BB, Krumbeck JA, Tang S, Krantz A, Linde A. Assessment of bacterial and fungal populations in urine from clinically healthy dogs using next-generation sequencing. J Vet Intern Med. 2021;35(3):1416-1426. doi:10.1111/jvim.16104
