Sentiamo sempre parlare del microbiota intestinale del colon, ma cosa sappiamo sul microbiota dell’intestino tenue?
Le enteropatie infiammatorie croniche sono la causa più comune di vomito e diarrea cronica nei cani implicano una patogenesi multifattoriale in cui lo squilibrio immunologico e le alterazioni del microbiota intestinale hanno un ruolo centrale.
La maggior parte degli studi tassonomici basati sul sequenziamento si è concentrata sul microbiota fecale, ma sempre del colon.
Lo studio dell’Università di Madrid ha avuto come obiettivo la caratterizzazione del microbiota batterico intestinale di cani affetti da malattie infiammatorie intestinali (IBD) (n = 34) mediante biopsie duodenali e campioni fecali rettali raccolti al momento della diagnosi e il confronto con un gruppo di cani sani (n = 12) utilizzando il sequenziamento mirato del gene 16S RNA ribosomiale (16S rRNA) (piattaforma Illumina MiSeq).
I risultati dello studio
Firmicutes (68,68%) era il phylum più abbondante nei campioni fecali, mentre i Proteobacteria (43,68%) e i Firmicutes (37,37%) erano i phyla più abbondanti nelle biopsie duodenali. Questi risultati sono coerenti con quelli riportati in precedenza, dove Proteobacteria era il phylum più abbondante nelle biopsie duodenali e Firmicutes il più abbondante nei campioni fecali canini.
Lo studio ha dimostrato che i cani affetti da IBD presentano differenze nelle comunità batteriche fecali rispetto ai cani sani, con una minore abbondanza relativa di Prevotellaceae, Erysipelotrichales, Lachnospiraceae, Acidaminococcales. D’altra parte, è stata rilevata una maggiore abbondanza relativa di Enterococcaceae, Streptococcaceae, Enterobacterales, Enterobacteriaceae ed Escherichia-Shigella. Inoltre, valutando l’α-diversità, i cani con IBD hanno mostrato una minore diversità in termini di ricchezza e abbondanza di specie. In più, il microbiota fecale dei cani con IBD era significativamente diverso da quello dei cani sani.
Sono stati osservati solo pochi cambiamenti di taxa batterici quando si è valutato il microbiota associato al duodeno attraverso l’analisi di campioni di biopsie duodenali.
Il prelievo fecale come miglior metodo di campionamento
Pertanto, anche se l’infiammazione intestinale interessa principalmente l’intestino tenue nei soggetti affetti da IBD dello studio, i campioni fecali costituiscono un miglior reperto, non solo per la loro facile disponibilità, ma anche per la ricerca di taxa batterici come biomarcatori di IBD canina.
Reference
Díaz-Regañón, D.;García-Sancho, M.; Villaescusa, A.; Sainz, Á.; Agulla, B.; Reyes-Prieto, M.; Rodríguez-Bertos, A.; Rodríguez-Franco, F. Characterization of the Fecal and Mucosa-Associated Microbiota in Dogs with Chronic Inflammatory Enteropathy. Animals 2023, 13, 326. https://doi.org/10.3390/ani13030326
